おそらくHD7900対応が含まれていると思われます。
他のX79搭載マザーも更新されているようです。
サポートサイトに履歴は載ってるけどまだファイルへのリンクがありません。
なのでftpのリンク置いときます、
起動メニューでキーが効かなくなることがあるのは治ってるかなぁ・・・
ftp://ftp.asus.com.tw/pub/ASUS/mb/LGA2011/P9X79-PRO/P9X79-PRO-ASUS-0906.zip
[ 0906 ]
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1. Enhance PCIe 3.0 Support Capability.
2. Enhance DRAM Compatibility.
3. Enhance CPU OC capability.
4. Enable VT-d support for VT-d enabled processor.
5. Speed up S3 resume time
追記：
見事に治ってないよ！
もしやと思ってASMediaのほうに変えても挙動変わらない、
オーバークロックがまずいのか？
ちょっとクロック戻して何度か試してみるか、
BIOS(ARC-1680ix-12のRAID BIOSも問題なく操作できる)とOS起動後は問題なくてブートマネージャだけキーが効かないってのがよくわからんところだが・・・